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引用本文:   李林森, 朱超, 赵毅, 杨歌, 屈锋. 毛细管电泳法研究核酸库容量对蛋白质适配体筛选的影响. 分析化学, 2020, 48(5): 615-622. doi:  10.19756/j.issn.0253-3820.191693 [复制]

Citation:   LI Lin-Sen , ZHU Chao , ZHAO Yi , YANG Ge , QU Feng . Investigation of Library Input on Aptamers Selection Efficiency Using Capillary Electrophoresis. Chinese Journal of Analytical Chemistry, 2020, 48(5): 615-622. doi: 10.19756/j.issn.0253-3820.191693 [复制]

毛细管电泳法研究核酸库容量对蛋白质适配体筛选的影响

收稿日期: 2019-11-25

基金项目: 本文系国家自然科学基金项目(Nos.21675012,21874010,21827810)资助

Investigation of Library Input on Aptamers Selection Efficiency Using Capillary Electrophoresis

Received Date:  2019-11-25

Fund Project:  This work was supported by the National Natural Science Foundation of China (Nos. 21675012, 21874010, 21827810).

毛细管电泳(CE)具有高分辨、快速分离、样品用量小和无需固相介质等优点,是高效筛选核酸适配体的方法之一。然而,由于CE的进样量少,有限的核酸库容量是否影响毛细管电泳-指数富集配体系统进化(CE-SELEX)适配体的筛选效率,尚不明确。本研究以神经元特异性烯醇化酶(NSE)为模式蛋白,考察了CE筛选中核酸库容量对筛选效率的影响,以明确CE-SELEX方法的有效性。分别使用4个浓度(0.1、1、10和100 μmol/L)的初始核酸库进行适配体筛选,比较了初始库与经3轮筛选后的次级核酸库的亲和力。结果表明,4个核酸库筛选轮次间库亲和力相近,且经2轮筛选后均得到了微摩尔级别的核酸适配体。此外,用高浓度核酸库筛选获得的序列更具多样性,但未能提升候选序列亲和力。经2轮筛选得到NSE的核酸适配体Seq qN-01,其与NSE复合物的解离常数(KD)为(4.72±0.15) μmol/L,并表现出很好的特异性。综上,核酸库容量会提高后续富集库的序列多样性,但对适配体筛选效率没有显著影响。

关键词:   神经元特异性烯醇化酶, 核酸库容量, 核酸适配体筛选, 毛细管电泳-指数富集配体系统进化
Key words:   Neuron-specific enolase, Library input, Aptamer selection, Capillary electrophoresis-systematic evolution of ligands by exponential enrichment
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毛细管电泳法研究核酸库容量对蛋白质适配体筛选的影响

李林森, 朱超, 赵毅, 杨歌, 屈锋

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