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核酸侵入反应偶联纳米金探针杂交显色技术可视化检测乙醛脱氢酶2基因多态性位点
盛楠 , 岳慧杰 , 逄淑云 , 齐谢敏 , 张晏洁 , 吴燕子 , 宋沁馨 , 邹秉杰 , 周国华
doi:  10.19756/j.issn.0253-3820.201234
传统的乙醛脱氢酶2(Aldehyde dehydrogenase 2,ALDH2)基因多态性位点(rs671)分型手段包括电泳、测序和荧光探针法,但在实际应用中存在步骤繁琐或检测成本高等问题。本研究基于聚合酶链式反应(Polymerase chain reaction,PCR),将核酸侵入反应和纳米金探针(Gold nanoparticle probe,GNP)杂交显色技术偶联,建立了操作简便的ALDH2基因rs671位点可视化检测方法。在反应体系中,首先对样本DNA进行PCR扩增,再由级联核酸侵入反应识别等位基因,随后加入两种GNP与溶液中的发夹探针杂交显色。当样本DNA包含靶标等位基因时,体系中的发夹探针会在核酸侵入反应阶段被核酸内切酶1(Flap endonuclease 1,FEN1)切割裂解成两部分,这两部分序列分别与两种GNP杂交并分散在溶液中,最终溶液为红色;无靶标等位基因时,体系中的发夹探针保持完整结构,同时与两种GNP杂交,溶液中的GNP聚集,沉淀至管底,最终溶液为无色。因此,根据反应最终溶液的颜色可直接判断基因型。在最优条件下,本方法成功检测了低至80 pg的基因组DNA,并能准确区分3种基因型,表明本方法具有极高的灵敏度和特异性。将本方法用于临床样本ALDH2基因的rs671位点检测,207例样本可视化检测结果与焦磷酸测序分型结果完全一致,表明本方法在精准医学相关的单核苷酸多态性(Single nucleotide polymorphisms,SNP)分型检测方面有潜在的应用前景。
关键词: 乙醛脱氢酶2, 纳米金探针, 可视化检测, 单核苷酸多态性, 核酸侵入反应
新型冠状病毒SARS-CoV-2核酸检测技术平台的研究进展
盛楠 , 马雪萍 , 逄淑云 , 宋沁馨 , 邹秉杰 , 周国华
doi:  10.19756/j.issn.0253-3820.201259
新型冠状病毒(SARS-CoV-2)已蔓延至全球,严重威胁人类的健康。SARS-CoV-2传染性强、潜伏期长,且存在无症状感染者,因此,准确检测SARS-CoV-2对疫情防控至关重要。核酸检测技术在防控工作中发挥了举足轻重的作用,目前已开发出多种用于SARS-CoV-2核酸检测的方法,有些方法已被开发成试剂盒应用于临床检测。然而,这些方法原理各异,检测平台也不同,因此,选择合适的SARS-CoV-2核酸检测方法对疫情防控至关重要。本文介绍了目前核酸检测方法的原理与技术平台,比较了各方法的优缺点,明确了各类方法的应用范围,以期为选择合适的SARS-CoV-2核酸检测方法提供参考,对今后开发类似SARS-CoV-2的病原体检测方法提出展望。
关键词: 新型冠状病毒, 核酸检测, 技术原理, 评述