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毛细管电泳筛选盐酸克伦特罗核酸适配体的方法研究
杨歌 , 朱超 , 刘晓慧 , 王勇 , 屈锋
doi:  10.11895/j.issn.0253-3820.181347
毛细管电泳(CE)被认为是核酸适配体筛选的高效方法,其无需介质固定,在溶液相中完成筛选,分离高效,样品用量少,筛选成本低。但由于小分子靶与核酸的结合位点少,且小分子的核酸复合物与核酸库的电泳迁移率差异小,通常认为CE-SELEX不适用于筛选小分子靶标的适配体。本研究建立了基于CE-SELEX的盐酸克伦特罗靶标的的适配体筛选方法。将80 nt的ssDNA库与盐酸克伦特罗特混合孵育,通过CZE-UV分离混合物。收集ssDNA库峰前的馏分,通过PCR扩增和ssDNA制备,完成第一轮筛选。将次级核酸库经过3轮筛选,获得10条ssDNA序列。选择3条亲和力较强的序列Apt 4、Apt 7、Apt 12,通过CE-LIF测定其与盐酸克伦特罗的Kd分别为9.315×10-7 mol/L、1.040×10-6 mol/L和1.143×10-5 mol/L。软件分析表明,上述3条序列均可形成茎环二级结构,其中Apt 4茎环结构的自由能最低,结构最稳定。以沙丁胺醇为对照,验证了3条序列,具有较高的特异性。
关键词: 盐酸克伦特罗, 核酸适配体筛选, 毛细管电泳, 毛细管电泳-指数富集配体系统进化